Kegiatan Pramuka di MTS Bontoramba wajib diikuti oleh seluruh kelas VII dan VIII. Ekstrakurikuler ini bertujuan melatih kedisiplinan, kemandirian, dan cinta tanah air yang diintegrasikan dengan nilai keagamaan.
Merupakan program unggulan madrasah. Peserta didik akan dibimbing secara intensif untuk menghafal juz-juz dalam Al-Quran dengan target minimal hafal 3 Juz (Juz 30, 29, 28) selama jenjang pendidikan Tsanawiyah.
Wadah bagi siswa yang memiliki bakat di bidang seni menulis indah huruf Arab (Khat). Siswa diajarkan dasar-dasar Naskhi, Tsuluts, dan Diwani. Tim kaligrafi madrasah aktif mengikuti ajang Porseni dan MTQ Kabupaten.
Ekstrakurikuler olahraga favorit siswa. Selalu menyumbangkan medali pada ajang antar MTs tingkat kabupaten. Latihan rutin melatih kerja sama tim, sportivitas, dan fisik yang prima.
Organisasi bidang keterampilan kesehatan dan pertolongan pertama di sekolah. Anggota PMR bertugas pada saat upacara bendera dan kegiatan bakti sosial yang melibatkan warga madrasah.
Ekstrakurikuler seni musik yang selalu tampil di acara-acara besar madrasah maupun pawai tingkat kecamatan Bontoramba. Melatih kekompakan, fokus, dan jiwa seni para siswa.